Shopify管理画面＞設定＞決済を選択してください。
無効化にしたいKOMOJU決済の「管理する」もしくは「管理」をクリックしてくしてください。
次の画面で「無効化にする」ボタンを選択すると設定した決済の無効化が可能です。
無効化が完了するとエンドユーザーの支払い選択画面から該当の決済が非表示になります。
また無効化後に同様のページで「アンインストール」が可能になります。
LIVEモードをご使用の場合で支払い待ちの注文が存在する状態でアンインストールを実行されますと、入金完了後のデータ連携が停止されます。