結論として、KOMOJUの管理画面から購入者の国や地域に応じて決済手段を出し分ける（表示・非表示を切り替える）設定は行えません。本設定はShopify側でのカスタマイズが必要となります。
「特定の決済を非表示にしたい」「海外からの注文には一部の決済手段のみを表示させたい」といったご要望については、ご利用中のShopifyのプランや環境によって実現できる可能性がございます。
次に行うべき操作
Shopifyの管理画面へログインし、Shopifyサポートへ「購入者の居住国や地域に基づいた決済手段の表示・非表示のカスタマイズ」についてお問い合わせください。